燃料電池汽車的車用儲氫器必須具有較高的單位質量儲氫密度。美能源部認為，車用高壓儲氫的單位質量密度至少應為6%，即每立方米儲存60公斤氫氣。為了滿足汽車480公里續(xù)航能力的要求，一次需儲氫大約4到7公斤。目前小型汽車的車用儲氫方式大多采用高壓儲氫，工作壓力為70兆帕（Mpa）的碳纖維儲氫瓶是目前家用汽車的最佳選擇，其售價大約為3000美元。研究人員正在致力于開發(fā)新的材料和制造工藝，以進一步降低儲氫氣瓶成本。目前正在進行的另一研究方向是，通過采用高表面積材料研究低壓吸附儲存氫氣。
另一個挑戰(zhàn)是加氫站的建立和氫氣來源。近年來頁巖氣的大量使用將對運輸部門產生重要的影響，低價格的頁巖氣可能會有助于加快氫氣充氣站的建設步伐。此外，通過改革商業(yè)運作模式（如建立混合發(fā)電廠）也可以獲取具有經濟性的氫氣。但從長遠來說，必須開發(fā)出一種具有成本優(yōu)勢、二氧化碳凈排放量低的氫氣制取方法。
